C-BTE（教会主体の神学教育）は教会の交わりと励ましの中で学習者が主体的に聖書の学びと個人の成長、奉仕の実践に取り組む学習システムです。
学習者を教室に集めて行う授業を中心とした「学校スタイル」や、ネットを使った授業の配信のような「オンライン学習」とは異なる学習システムです。以下にC-BTEの学習システムを簡単に説明します。
"教会"の交わりの中で
C-BTE はすべてのクリスチャンの成長を願って行いますが、クリスチャン共同体・神の家族としての教会の、生きた交わりの中での取り組みが学びの前提でであり鍵です。学習者はメンター（牧師・教会リーダーなど）の導きの中で自主学習やグループセッションを通して学びます。牧師やリーダーのためのトレーニングコース（メンタートレーニングコース）もあります。
学習者主体の学び
中心的な学習方法は、学習者自身がテキストを利用して主体的に聖書を学び、それに基づいてメンターや教師、他の学習者との対話によって理解を深める「ソクラテス式問答 *」を行うが特徴的です。SBSでは授業形式のクラスも用意しています。
学習者自身が聖書から福音の真理と信仰生活およびミニストリーの基本原則を見出すことができるようメンターや神学校教師が学習を支援します。学習時間や場所はメンターと話し合いながら計画を立てます。
学習期間
学習期間や開始時期に特段の定めはありません。但し、神学専攻科（旧アンテオケスクール *）は学習計画を立てやすくするために前期（4月開始）・後期（10月開始）の二期制となっています。
評価方法
各科目の習熟度や人格形成、ミニストリーの実践などについてポートフォリオを用いた評価を行います（一部の科目では筆記試験が行われる場合もあります）。ポートフォリオは、理解度を確認するチェックシートやインタビュー、課題の提出などを通して、学習者自身とメンターが中心となって評価するシステムで、SBSは第三者機関として評価に関わります。
認証
SBSの学習コースは３つのカテゴリーとそれぞれ２つのコース、計６つのコースが準備されおり、各コース修了者には以下の認定が与えられます。
- 基本原則コース I：L.1認定（Leadership I）
- 基本原則コース II：L.2認定（Leadership II）
- 教会奉仕者コース：C.Min.認定/SBS卒業（Certificate of Ministry）
- 牧会・伝道者コース：C.Th.認定/SBS卒業（The Certificate of Theology）
- メンタートレーニングコース：L.Mnt.認定（Local Mentor）
- 継続教育コース：認定はとくにない
ソクラテス式問答について
C-BTEで用いられる「ソクラテス式問答」とは、古代ギリシャの哲学者ソクラテスが用いたとされる哲学的対話の手法ににちなんで名づけられた学習方法です。この手法では、教師が学習者に対して質問を投げかけ、学習者が自分自身の考えや理解を明確にすることを促します。その後、教師は学習者の回答をもとに、さらに深い質問を投げかけていきます。こうした対話を繰り返すことで、生徒は聖書の意味することについてより深く考えることができるようになります。
旧アンテオケスクールについて
これまでSBSではC-BTEに基づいた指導者育成の学習コースとして「アンテオケスクール」を提供し、すでに教会やミニストリーの現場で牧師やリーダーとしてご奉仕くださっている方々もおられます。
C-BTEの国際的なネットワークであるBILD Internationalにおいてアンテオケスクール（Antioch School）は米国学位認定機関DEACによる学位取得を目指すコースの名称として用いられているため、SBSでは「アンテオケスクール」との名称をやめ「神学専攻科」に変更することになりました。
但しこの名称変更に伴って、これまで「アンテオケスクール」で学んで来られたり、現在学んでおられる方々の評価に影響はありません。